Le lac Huron demeure sain malgré les proliférations d’algues près des rives et la réduction des éléments nutritifs en zone extracôtière causées par la présence de moules envahissantes qui se nourrissent par filtration.
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Être une source d'eau potable sûre et de haute qualité
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Permettre la baignade et d’autres activités récréatives sans restriction
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Permettre la consommation par les humains de poissons et d’espèces sauvages sans restriction
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Être à l'abri de polluants qui pourraient nuire aux humains, à la faune ou aux organismes
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Contribuer à la santé et à la productivité des habitats pour soutenir les espèces indigènes
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Être dénuée d’éléments nutritifs favorisant la croissance d'algues et de cyanobactéries disgracieuse
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Être à l'abri d’espèces aquatiques envahissantes et d’espèces terrestres envahissantes
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Être à l’abri des effets nocifs des eaux souterraines contaminées
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Être dénuée d’autres substances, de matériaux ou d’atteintes qui pourraient avoir des répercussions négatives sur les Grands Lacs
Le lac Huron continue d’être une bonne source d’eau potable de haute qualité. L’état des produits chimiques toxiques surveillés dans le lac Huron a été jugé bon, et les tendances à long terme indiquent que les concentrations sont en baisse. Les concentrations de contaminants dans les filets de poisson continuent aussi de diminuer ou demeurent stables. Les poissons du lac Huron continuent d’être une source alimentaire nutritive, même si des restrictions entourant la consommation de certaines espèces de poissons continuent d’être recommandées.
Les plages et les eaux littorales du lac Huron, plus souvent dégagées et propres, offrent de bonnes possibilités de baignade et d’autres activités récréatives. Les concentrations d’éléments nutritifs sont considérées comme passables, mais la tendance à long terme a été évaluée comme se détériorant à cause de la baisse des concentrations de phosphore au large des côtes. La présence des Cladophora est généralement faible dans le lac Huron, quoique certaines parties du lac soient susceptibles d’avoir des problèmes de croissance d’algues nuisibles, comme l’extrémité méridionale des baies Georgienne et Saginaw. Les proliférations d’algues nuisibles dans le lac Huron sont actuellement associées à un état passable, et la tendance est inchangée, la plupart des dégradations se produisant dans la baie Saginaw.
Les milieux humides côtiers du lac Huron comptent pour environ 30 % de la superficie totale des milieux humides des Grands Lacs. L’état des milieux humides côtiers varie de passable à bon, ceux des zones septentrionales étant généralement en meilleur état. Les facteurs de stress agricoles et à l’utilisation des terres, comme le ruissellement provenant des fermes et des zones urbaines, sont plus courants dans la partie sud du bassin et contribuent généralement à la dégradation des milieux humides côtiers. Les populations de poissons ainsi que les organismes de niveau trophique inférieur, comme les Diporeia, sont demeurées faibles dans les eaux du large depuis le milieu des années 2000. Ces populations continuent de décliner. Les populations de poissons dans les eaux littorales, comme le doré jaune, ne sont pas touchées de façon importante par les changements dans le réseau trophique inférieur. L’état des populations de dorés jaunes a été jugé bon et inchangé. Le touladi est dans un état passable, et la tendance s’améliore, compte tenu de l’augmentation du recrutement naturel. Les impacts des espèces aquatiques envahissantes, en particulier la moule quagga, qui se nourrit par filtration, sont généralement considérées comme reflétant un état médiocre. Les espèces envahissantes sont la principale cause de la baisse de la productivité dans les eaux extracôtières et de la prolifération d’algues nuisibles dans certaines eaux littorales. L’état associé à la lamproie marine, espèce envahissante, est passable, étant donné que les populations de lamproies marines adultes sont supérieures aux cibles et que la situation s’améliore. La propagation des espèces aquatiques non-natives d’un lac à l’autre est associée à un état médiocre puisque huit nouvelles espèces non-natives se sont répandues dans le lac Huron à partir d’autres bassins lacustres au cours de la dernière décennie.
La qualité des eaux souterraines est évaluée comme étant bonne d’après les concentrations de nitrates et de chlorures. Les facteurs de stress en milieu terrestre (comme la transformation de la couverture terrestre, qui passe de terres naturelles à des terres agricoles ou aménagées) continuent d’avoir des répercussions sur le bassin du lac Huron. L’évolution des tendances climatiques à long terme, comme l’augmentation de la température de l’eau et la diminution de la couverture de glace, peut avoir des répercussions sur l’écosystème.