L’Accord relatif à la qualité de l’eau dans les Grands Lacs de 2012 précise que « [l]’eau des Grands Lacs devrait […] contribuer à la santé et à la productivité des terres humides et des autres habitats afin d’assurer la viabilité des espèces indigènes […]. »
Mettant l’accent sur les espèces indigènes, l’indicateur de l’habitat et des espèces comprend l’évaluation des milieux humides côtiers, des affluents et des composantes du réseau trophique des Grands Lacs. L’état des milieux humides côtiers et du réseau trophique aquatique varie dans l’ensemble du bassin, allant de « bon » à « médiocre » et de « s’améliore » à « se détériore » selon le lac, l’habitat et les espèces d’intérêt. La santé de chacune des espèces ainsi que des communautés biologiques des Grands Lacs reflète la disponibilité et l’état de leur habitat, qui sont influencés par des facteurs de stress tels que le climat changeant, les changements d’utilisation des terres, la pollution et les espèces envahissantes. Dans l’ensemble, l’indicateur de l’habitat et des espèces a été jugé « passable » et la tendance « inchangée ». .
Bien que des efforts de restauration et de protection aient amélioré certains milieux humides côtiers, d’autres demeurent dans un état de dégradation. Les milieux humides du lac Supérieur et ceux situés le long de la rive septentrionale des lacs Michigan et Huron sont généralement en meilleur état que ceux des lacs Érié et Ontario. Par exemple, la plupart des milieux humides des lacs Érié et Ontario abritent des communautés végétales dégradées à cause de l’enrichissement en éléments nutritifs, de la sédimentation, espèces envahissantes, règlement passé sur des niveaux d’eau ou d’une combinaison de ces facteurs. Ces facteurs de stress peuvent permettre à certaines plantes comme les quenouilles envahissantes et à des espèces non indigènes comme le roseau commun européen (Phragmites), l’hydrocharide grenouillette et la châtaigne d’eau de prospérer, réduisant ainsi la biodiversité et la qualité de l’habitat pour la flore et la faune indigène.
Les communautés d’amphibiens, d’oiseaux et de poissons des milieux humides côtiers ont tendance à être le plus saines là où l’empreinte de l’activité humaine est le plus faible. La santé des communautés d’amphibiens et d’oiseaux des milieux humides côtiers de chacun des lacs est généralement considéré comme passable à bonne, et les tendances sont inchangées à s’améliorent. Cependant, des espèces comme la rainette faux-grillon de l’Ouest et certaines espèces d’oiseaux des marais ont subi des déclins de population à long terme. La santé des communautés de poissons des milieux humides côtiers est jugée passable dans tous les lacs, sauf dans le lac Érié, où elle est jugée médiocre. Cela est dû en partie au fait que les zones humides côtières du lac Érié ont un nombre moyen plus élevé d’espèces de poissons non indigènes, qui sont plus tolérantes aux perturbations.
La connectivité de l’habitat aquatique évalue le pourcentage de longueurs d’affluents qui restent libres d’obstacles ayant un impact sur la connexion entre les eaux d’amont et les Grands Lacs. La connectivité des affluents est essentielle pour permettre aux poissons migrateurs d’atteindre les frayères et maintenir d’autres processus écologiques tels que le transport naturel des sédiments. La connectivité des affluents a été réduite dans chaque bassin lacustre au cours du siècle dernier, mais elle s’améliore grâce aux projets visant à éliminer les obstacles et à assurer le passage des poissons. Ces efforts de restauration doivent également tenir compte du risque de créer des frayères propices à la lamproie marine ou de permettre à d’autres espèces non indigènes d’accéder dans et hors des Grands Lacs.
Le réseau trophique aquatique des Grands Lacs se compose de nombreuses espèces qui interagissent entre elles, allant de minuscules algues (phytoplancton) et animaux (zooplancton) à de gros poissons. Les conditions changeantes des éléments nutritifs, combinées aux incidences des espèces envahissantes, en particulier les moules de la famille des Dreissenidés (moules zébrée et quagga), comptent parmi les facteurs de stress les plus immédiats pour les réseaux trophiques des Grands Lacs. Les dreissenidés filtrent le phytoplancton de la colonne d’eau et modifient la façon dont les éléments nutritifs sont recyclés dans les lacs, ce qui réduit la nourriture destinée au zooplancton, affectant ainsi toutes les autres composantes du réseau trophique aquatique y compris le poisson.
Les communautés phytoplanctoniques se détériorent dans tous les lacs, à l’exception du lac Ontario, quoique pour des raisons variables. Le lac Supérieur a maintenu les communautés de phytoplancton et de zooplancton reflétant des conditions oligotrophes (faible teneur en nutriments) et a été jugé bon pour le phytoplancton et le zooplancton. Il existe toutefois des preuves d’un changement graduel de la communauté phytoplanctonique qui se développent dans des conditions plus chaudes, et peuvent se produire en réponse aux changements climatiques. Le déclin de la prolifération printanière du phytoplancton dans les lacs Huron et Michigan a entraîné une diminution de la biomasse du zooplancton au cours des dernières décennies, mais les populations se sont stabilisées ces dernières années. Dans le lac Érié, il y a eu une diminution de la qualité du phytoplancton due à une augmentation de l’abondance des cyanobactéries nuisibles, mais les communautés de zooplancton sont en bon état grâce à la productivité élevée des lacs.
Petit invertébré des profondeurs, l’espèce du genre Diporeia est une source importante de nourriture pour les poissons. Sa population a fortement baissé dans les années 1990 et sont en situation médiocre dans tous les lacs, sauf dans le lac Supérieur. Les mécanismes à l’origine de ce déclin sont complexes et ne sont pas entièrement compris, mais les Dreissenidés ont probablement contribué à cette tendance en modifiant l’habitat benthique et en réduisant la quantité de nourriture disponible pour d’autres organismes benthiques comme l’espèce du genre Diporeia. Dans le lac Supérieur, l’état de cette dernière a été jugé bon, et l’espèce demeure une composante dominante du régime alimentaire de certains poissons proies.
Le zooplancton, le phytoplancton et les communautés benthiques sont d’importantes sources de nourriture pour les poissons proies et sont essentiels au maintien d’un réseau trophique sain. La diversité de la communauté de poissons proies continue de changer dans les Grands Lacs, bien que la direction et l’ampleur de ces changements varient. L’état de la communauté de poissons proies a été jugé passable dans l’ensemble en raison de la diversité et de la proportion des espèces indigènes de poissons proies dans les Grands Lacs. Il y a eu des fluctuations de l’abondance globale des poissons proies, qui dépendent à la fois de la disponibilité de nourriture et du nombre de poissons prédateurs de niveau trophique supérieur, comme le touladi, saumon, et le doré jaune. Un juste équilibre entre le nombre de poissons prédateurs et le nombre de poissons proies disponibles dans les lacs est important pour assurer la durabilité de la pêche dans les Grands Lacs.
La gestion durable des pêches, la lutte continue contre la lamproie marine, l’amélioration de la qualité de l’eau, la réhabilitation de la population le repeuplement, la restauration des frayères et le déclin du gaspareau (poisson proie non indigène) ont contribué à améliorer les populations de dorés jaunes et de touladis et à accroître le succès de reproduction des populations de touladis. Le touladi d’origine sauvage compte pour près de la moitié des prises totales dans les eaux américaines du lac Huron et pour plus de 75 % des prises totales dans les eaux canadiennes du bassin principal du lac Huron et du chenal du Nord. Une augmentation de la reproduction naturelle de l’esturgeon jaune a été constatée dans les affluents du bassin des Grands Lacs; cette augmentation est en partie due à l’amélioration des habitats, à l’enlèvement de barrages et à des efforts d’ensemencement, bien que les changements de la situation de cette espèce prendront beaucoup de temps à se manifester compte tenu de la longévité de l’espèce.
Sous-indicateur | Lac Supérieur | Lac Michigan | Lac Huron | Lac Érié | Lac Ontario |
Passable & Indéterminé | Passable & Indéterminé | Passable & Inchangée | Indéterminé | Indéterminé | |
Passable & Inchangée | Passable & Indéterminé | Passable & Inchangée | Médiocre & Indéterminé | Passable & Inchangée | |
Passable & Indéterminé | Passable & Indéterminé | Bon & Inchangée | Passable & Inchangée | Passable & S’améliore | |
Passable & Indéterminé | Passable & Indéterminé | Bon & Inchangée | Passable & Inchangée | Passable & S’améliore | |
Bon & Inchangée | Passable & Inchangée | Passable & Inchangée | Médiocre & Inchangée | Médiocre & Inchangée | |
Passable & S’améliore | Médiocre & S’améliore | Passable & S’améliore | Passable & S’améliore | Passable & S’améliore |
Sous-indicateur | Lac Supérieur | Lac Michigan | Lac Huron | Lac Érié | Lac Ontario |
Bon & Se détériore | Passable & Se détériore | Passable & Se détériore | Médiocre & Se détériore | Bon & Inchangée | |
Bon & Inchangée | Bon & Inchangée | Passable & Inchangée | Bon & S’améliore | Bon & Inchangée | |
Bon & Inchangée | Bon & Inchangée | Bon & Inchangée | Médiocre & Inchangée | Passable & Inchangée | |
Bon & Inchangée | Médiocre & Se détériore | Médiocre & Se détériore | Médiocre & Inchangée | Médiocre & Inchangée | |
Médiocre & Inchangée | Médiocre & S’améliore | Médiocre & S’améliore | Médiocre & S’améliore | Médiocre & S’améliore | |
Bon & Inchangée | Passable & Inchangée | Passable & Inchangée | Passable & Se détériore | Passable & S’améliore | |
Bon & S’améliore | Passable & S’améliore | Passable & S’améliore | Passable & S’améliore | Passable & S’améliore | |
Passable & S’améliore | Bon & Inchangée | Bon & Inchangée | Bon & S’améliore | Bon & Inchangée |